Приветствия

Охаё годзаймасу (Ohayou gozaimasu) - "Доброе утро". Вежливое приветствие. В молодежном общении может использоваться и вечером. Напоминаю, что в большинстве случаев "у" после глухих согласных не произносится, то есть, данное выражение обычно произносится как "Охаё годзаймас".
Охаё (Ohayou) - Неформальный вариант.
Оссу (Ossu) - Очень неформальный мужской вариант. Часто произносится как "Осс".
Хисасибури дэсу (Hisashiburi desu) - "Давно не виделись". Стандартный вежливый вариант
Хисасибури нэ? (Hisashiburi ne?) - Женский вариант.
Хисасибури да наа... (Hisashiburi da naa) - Мужской вариант.
Яххо! (Yahhoo) - "Привет". Неформальный вариант.
Оой! (Ooi) - "Привет". Весьма неформальный мужской вариант. Обычное приветствие при перекличке на большом расстоянии.
Ё! (Yo!) - "Привет". Исключительно неформальный мужской вариант.
Гокигэнъё (Gokigenyou) - "Здравствуйте". Редкое, очень вежливое женское приветствие.

Пока

Саёнара (Sayonara) - "Прощай". Обычный вариант. Говорится, если шансы скорой новой встречи невелики.
Мата асита (Mata ashita) - "До завтра". Обычный вариант.
Мата нэ (Mata ne) - Женский вариант.
Мата наа (Mata naa) - Мужской вариант.
Дзя, мата (Jaa, mata) - "Еще увидимся". Неформальный вариант.
Дзя (Jaa) - Совсем неформальный вариант.
Дэ ва (De wa) - Чуть более формальный вариант.

Да

Хай (Hai) - "Да". Универсальное стандартное выражение. Также может значить "Понимаю" и "Продолжайте". То есть, оно совсем не обязательно означает согласие.
Хаа (Haa) - "Да, господин". Очень формальное выражение.
Ээ (Ee) - "Да". Не очень формальная форма.
Рёкай (Ryoukai) - "Так точно". Военный или полувоенный вариант.

Нет

Иэ (Ie) - "Нет". Стандартное вежливое выражение. Также вежливая форма отклонения благодарности или комплимента.
Най (Nai) - "Нет". Указание на отсутствие или несуществование чего-либо.
Бэцу ни (Betsu ni) - "Ничего".

Конечно

Наруходо (Naruhodo) - "Конечно", "Конечно же".
Мотирон (Mochiron) - "Естественно!" Указание на уверенность в утверждении.
Яхари (Yahari) - "Так я и думал".
Яппари (Yappari) - Менее формальная форма того же самого.

Неужели?

Хонто дэсу ка? (Hontou desu ka?) - "Неужели?" Вежливая форма.
Хонто? (Hontou?) - Менее формальная форма.
Со дэсу ка? (Sou desu ka?) - Формальная форма того же самого.
Со ка? (Sou ka?) - "Надо же..." Иногда произносится как "Су ка!"
Со дэсу нээ... (Sou desu nee) - "Вот оно как..." Формальный вариант.

Неужели?

Со да на... (Sou da naa) - Мужской неформальный вариант.
Со нээ... (Sou nee) - Женский неформальный вариант.

Может быть

Маа... (Maa) - "Может быть..."
Саа... (Saa) - "Ну..." В смысле - "Возможно, но сомнения еще остаются".

Пожалуйста

Онэгай симасу (Onegai shimasu) - Весьма вежливая форма. Может использоваться самостоятельно. Особенно часто используется в просьбах типа "сделайте нечто для меня"
Онэгай (Onegai) - Менее вежливая, более часто встречающаяся форма.
- кудасай (kudasai) - Вежливая форма. Добавляется как суффикс к глаголу. Например, "китэ-кудасай" - "Пожалуйста, приходите".
- кудасаймасэн ка? (kudasaimasen ka) - Более вежливая форма. Добавляется как суффикс к глаголу. Переводится как "не могли бы вы сделать нечто для меня?". Например, "китэ-кудасаймасэн ка?" - "Не могли бы вы придти?".
До итасимаситэ (Dou itashimashite) - Вежливая, формальная форма.
Иэ (Iie) - "Не за что". Неформальная форма.

Спасибо

Домо (Doumo) - Краткая форма, обычно говорится в ответ на небольшую "бытовую" помощь, скажем, в ответ на поданное пальто и на предложение войти.
Аригато годзаймасу (Arigatou gozaimasu) - Вежливая, несколько формальная форма.
Аригато (Arigatou) - Менее формальная вежливая форма.
Домо аригато (Doumo arigatou) - "Большое спасибо". Вежливая форма.
Домо аригато годзаймасу (Doumo arigatou gozaimasu) - "Огромное вам спасибо". Очень вежливая, формальная форма.
Катадзикэнай (Katajikenai) - Старомодная, очень вежливая форма.
Осэва ни наримасита (Osewa ni narimashita) - "Я - ваш должник". Очень вежливая и формальная форма.
Осэва ни натта (Osewa ni natta) - Неформальная форма с тем же значением.

Простите

Гомэн насай (Gomen nasai) - "Извините, пожалуйста", "Прошу прощения", "Мне очень жаль". Весьма вежливая форма. Выражает сожаление по некоторому поводу, скажем, если приходится кого-то потревожить. Обычно не является собственно извинением за существенный проступок (в отличие от "сумимасэн").
Гомэн (Gomen) - Неформальная форма.
Сумимасэн (Sumimasen) - "Прошу прощения". Вежливая форма. Выражает извинение, связанное с совершением существенного проступка.
Суманай/Суман (Sumanai/Suman) - Не очень вежливая, обычно мужская форма.
Суману (Sumanu) - Не очень вежливая, старомодная форма.
Сицурэй симасу (Shitsurei shimasu) - "Прошу прощения". Очень вежливая формальная форма. Используется, скажем, чтобы войти в кабинет начальника.
Сицурэй (Shitsurei) - Аналогично, но менее формальная форма
Мосивакэ аримасэн (Moushiwake arimasen) - "Мне нет прощения". Очень вежливая и формальная форма.